《突击莉莉》的故事背景设定在近未来的世界，人类文明因神秘生物“HUGE”的突然出现而濒临崩溃。这些巨大的生命体拥有压倒性的破坏力，各国政府为了对抗威胁，联合开发了名为“CHARM”的特殊武器。能够驾驭这些武器的少女们被称为“莉莉”，她们成为人类最后的希望。为了培养这些战士，全球各地建立了名为“Garden”的专门学校，每所学校都有独特的训练体系和文化。 　　故事的主角一柳梨璃（CV：赤尾光）就读于百合丘女学院，这是一所以培养精英莉莉闻名的学府。梨璃性格开朗且富有正义感，但在战斗方面仍显稚嫩。她在校园中遇到了几位性格迥异的同伴：冷淡孤傲的天才战士白井梦结（CV：夏吉优子）、出身名门的大小姐努韦尔（CV：井泽美香子），以及学识渊博的战术专家二川二水（CV：西本里美）。尽管她们个性不同，但共同的目标让她们逐渐建立起深厚的羁绊。 　　随着剧情发展，梨璃和伙伴们不仅要面对HUGE的威胁，还要应对学校内部的竞争与阴谋。她们在战斗中成长，逐渐揭开HUGE的起源之谜，同时也在彼此的扶持下寻找属于自己的战斗意义。故事融合了热血战斗、少女友情与科幻元素，展现了一群少女在绝望世界中奋力求生的壮烈物语。