《碧蓝航线》的故事发生在一个被神秘敌人“塞壬”侵袭的世界。这些来自海洋的强大敌人对人类文明构成了巨大威胁，为了对抗它们，人类组建了由舰船化身的少女们组成的特殊部队——“碧蓝航线”。这些少女们凭借钢铁般的意志和强大的战斗力，最终成功击败了塞壬，守护了人类的和平。 　　然而，胜利的喜悦并未持续太久。随着时间的推移，碧蓝航线内部因理念分歧逐渐分裂，一部分成员脱离组织，成立了与之对立的“赤色中轴”。两大阵营的对立使得局势再度紧张，曾经的战友如今不得不站在对立面。在这动荡的局势中，个性鲜明的舰船少女们再次被推上战场，她们将如何面对这场新的考验？ 　　故事聚焦于几位核心角色：被誉为“灰色幽灵”的最强英雄企业，性格沉稳而强大；看似迷糊却在关键时刻异常可靠的拉菲；年纪虽小但成熟稳重的大黄蜂；以及外表强硬内心温柔的哈曼。她们各自怀揣不同的信念，在战火纷飞的世界中寻找属于自己的道路。面对昔日的同伴与未知的敌人，她们的抉择将深刻影响未来的走向。