《谜之夏日祭》的故事围绕都立风见台高中二年级学生椿明展开。他原本过着平凡无奇的校园生活，直到某天班里迎来了一位神秘的转校生卜部美琴。这位少女总是独来独往，课间必定趴在课桌上睡觉，仿佛与周围的世界格格不入。一次偶然中，椿明不小心打断了美琴的午睡，甚至无意间尝到了她的口水，这场荒唐的意外竟成为两人命运的转折点——美琴突然对椿明产生了强烈的好感。 　　随着美琴主动展开追求，椿明被迫踏入了一段充满谜团的恋爱关系。约会过程中，他发现这位看似文静的少女藏着诸多令人费解的习惯：她总随身携带剪刀，会突然剪碎纸张、树叶甚至自己的头发。每当椿明试图探究这些行为背后的含义，美琴就会露出天真又危险的笑容。校园里关于"剪刀女"的传闻开始蔓延，而椿明越是接近真相，就越陷入美琴编织的奇异世界。 　　故事在夏日祭典之夜迎来高潮。当烟花照亮神社石阶时，美琴终于向椿明展示了剪刀收藏盒里那些被剪碎的"纪念品"——每片碎屑都标记着日期与事件，原来那是她记录重要回忆的独特方式。这个看似扭曲的告白让椿明意识到，美琴怪异行为下隐藏着纯粹到极致的情感表达。两人在祭典喧嚣中十指相扣，约定要一起解开更多属于彼此的"谜题"。