《疑犯追踪 第二季》延续了第一季的紧张剧情，Finch被神秘的Root绑架后，Reese不得不寻求纽约警局凶杀科侦探Carter和Fusco的帮助。经过一系列缜密调查，他们成功救出Finch，但Root却狡猾逃脱。尽管生活看似回归平静，但危机四伏，Root对Finch的程序虎视眈眈，意图将其公开化，而HR组织的幕后黑手也尚未浮出水面。 　　与此同时，联邦调查局和中央情报局对Reese的追捕从未停止，他们迫切想要揭开他的真实身份。机器的存在让这座城市始终笼罩在紧张的氛围中，Finch和Reese不得不时刻保持警惕。随着新案件的不断出现，他们不仅要保护无辜者的生命，还要应对来自各方的威胁。Root的疯狂计划、HR的腐败势力以及政府的步步紧逼，让两人的处境愈发危险。 　　在这一季中，角色之间的关系也变得更加复杂。Carter和Fusco在警局内部的斗争逐渐升级，而Finch和Reese的信任与默契也在一次次危机中经受考验。机器的预言能力让案件更加扑朔迷离，而隐藏在黑暗中的敌人正伺机而动。只要机器仍在运转，这座城市就永远不会让他们停下脚步。