《X档案 第二季》延续了第一季的悬疑与科幻风格，穆德和斯科莉这对搭档在X档案被关闭后被迫分开。穆德被调去执行监听任务，而斯科莉则回到学院继续学业。两人的分离让调查工作陷入停滞，但他们对真相的追求从未停止。 　　某天，国会议员麦特森向穆德透露了一条惊人消息：波多黎各的阿雷希伯接收到了疑似外星人的电讯信号。为了赶在特种部队之前找到证据，穆德独自前往波多黎各展开调查。斯科莉得知消息后，通过穆德电脑中的旅客名单追踪到他的行踪，随即也赶往波多黎各。 　　在阿雷希伯，穆德遇到一位当地居民，对方交给他一幅描绘外星人的神秘画作。然而，这名知情者不久后便离奇死亡，让调查变得更加扑朔迷离。穆德和斯科莉必须面对重重阻碍，包括政府势力的干预和未知的危险，他们能否找到外星人存在的确凿证据？真相或许比他们想象的更加复杂。