《神秘博士》第二季延续了第九任博士重生为第十任博士后的精彩故事。罗斯-泰勒与新重生的博士搭乘TARDIS展开了一系列惊险刺激的时空旅行。在《新地球》一集中，他们来到遥远的未来，发现了一家由神秘猫人经营的医院。这家表面光鲜的医院背后隐藏着可怕的秘密，博士和罗斯必须揭开真相，拯救被囚禁的人类。 　　随后在《牙与爪》中，博士和罗斯来到维多利亚时代的苏格兰，遭遇了传说中的狼人。他们与女王维多利亚联手对抗这个超自然威胁，但这场冒险也让女王对博士产生了深深的怀疑。这一事件为后续剧情埋下了重要伏笔。 　　本季还迎来了博士的老对手回归，包括狡猾的波伊的脸和自负的卡桑德拉。在《校舍》一集中，博士和罗斯调查一所诡异的学校，发现这里的学生都被外星生物控制。随着剧情发展，博士与罗斯的关系越发深厚，但他们的冒险也引来了更强大的敌人——赛博人。 　　本季高潮出现在赛博人大举入侵地球的《末日》两集。博士必须集结所有盟友，包括米奇、杰基甚至哈丽特-琼斯首相，才能阻止这场灾难。然而最终的牺牲让罗斯被迫与博士分离，为这个感人至深的故事画上了令人心碎的句号。