《24小时》第三季的故事发生在上一季的三年后，洛杉矶再度陷入一场致命的危机。托尼和米歇尔在经历生死考验后步入婚姻殿堂，并共同担任CTU的主管。与此同时，杰克的女儿金姆也加入了CTU，成为一名情报分析员，父女俩在反恐战场上再次并肩作战。这一季的开端充满紧张感，一具携带致命病毒的尸体被丢弃在洛杉矶卫生中心外，迅速引发恐慌。幕后黑手是一名墨西哥毒枭，他企图以释放病毒为威胁，逼迫美国政府释放其兄长。 　　杰克·鲍尔再次临危受命，展开调查。然而，这一次的挑战远超以往。为了渗透毒贩集团，杰克不惜染上毒瘾，以获取对方的信任。这一极端手段让他的身心备受折磨，调查过程也屡屡受挫。与此同时，白宫方面同样面临巨大压力。成功连任的鲍尔默总统在康复后迎来了新恋情，他的私人医生女友成为他生活中的重要支柱。总统的弟弟韦恩则成为其得力助手，协助应对这场生化危机。 　　随着病毒威胁的升级，时间一分一秒流逝，杰克必须在有限的时间内找到解药并阻止毒枭的阴谋。然而，总统与杰克之间的关系也因局势的复杂化而变得微妙。鲍尔默总统能否像过去一样给予杰克毫无保留的支持？这场关乎千万人生命的博弈中，信任与背叛、牺牲与抉择交织在一起，将剧情推向高潮。