《地球百子》第二季延续了第一季的紧张氛围，故事从气象山的隔离区展开。百子们在成功引爆驻地并击败地表人后，被神秘组织“气象山”囚禁。他们发现气象山并非避难所，而是一个由Mount Weather领导的地下设施，这里的居民利用百子的血液进行实验，试图适应地表辐射。与此同时，Clarke和Bellamy等人意识到自己已成为实验品，开始策划逃亡。Finn因寻找Clarke而精神崩溃，误杀无辜地表人，最终被Lexa领导的地表人部落处决，这一事件加剧了双方矛盾。 　　另一方面，Jaha从太空坠落后幸存，穿越沙漠寻找“光之城”，途中遇到神秘AI助手ALIE，逐渐揭开与地球灾难相关的秘密。方舟幸存者在地表建立营地，但内部权力斗争不断，Kane和Abby试图维持秩序，却面临地表人部落的威胁。随着剧情推进，Clarke与地表人领袖Lexa结盟，共同对抗Mount Weather，但Lexa在关键时刻背叛联盟，导致Clarke不得不独自做出毁灭性决定——释放辐射消灭Mount Weather，拯救同伴的同时背负沉重道德代价。 　　第二季通过多条支线探讨生存与道德的边界，角色们在残酷环境中不断面临抉择。Clarke从理想主义者蜕变为冷酷领袖，Bellamy则逐渐成熟，学会承担责任。最终，百子们虽重获自由，但代价惨痛，而Jaha带来的ALIE秘密为第三季埋下伏笔，暗示更大的危机即将降临。