《鲁班奇术》讲述了北宋仁宗年间，汴河河畔惊现神秘水怪，闹得人心惶惶。开封府奉命调查此案，派出御前带刀侍卫展昭追查线索。然而，心怀不轨的殿前司都虞侯邓车暗中插手，将自己的侄子邓六郎安插进办案队伍，意图阻挠真相浮出水面。展昭与邓六郎等人经过调查，发现所谓的水怪实为精巧机关所制，并非真正的妖物。 　　在邓六郎的引荐下，一行人前往当世最负盛名的机关大师“胜鲁班”的居所——乾坤宫，寻求破解机关之术的线索。在那里，他们偶遇了年轻聪慧的女子公输灵，她精通机关术，对案件表现出极大兴趣。为了追查幕后黑手，众人决定前往地下鬼市，寻找制造机关傀儡的商贩。在鬼市中，他们遭遇了一个神秘的无脸人，双方展开激烈交锋。 　　在打斗过程中，公输灵震惊地认出无脸人竟是幼年时叛出家门的亲生哥哥公输清。原来，公输清被邓车利用，暗中炼制机关兽，意图行刺皇帝，颠覆朝纲。得知真相的公输灵痛心不已，试图劝说兄长回头是岸。然而，公输清已被仇恨蒙蔽，执意执行刺杀计划。在最后的对决中，公输灵为保护展昭，挺身挡下致命一击，不幸牺牲。 　　目睹妹妹为正义献身，公输清终于幡然醒悟，悔恨交加。他主动揭露了邓车的全部阴谋，指证其谋逆之罪。最终，邓车伏法，公输清也因罪孽深重选择自尽赎罪。展昭成功化解危机，而公输灵的牺牲则成为众人心中永远的遗憾。影片在机关术的奇幻色彩与人性抉择的深刻探讨中落下帷幕。