《办公室》第三季第一集《Gay Witch Hunt》于2006年9月21日首播。Michael得知Oscar是同性恋后，为自己曾用侮辱性词汇称呼他而道歉，但这次道歉却意外让Oscar的性向在全办公室曝光。与此同时，Jim决定接受斯坦福德分公司的晋升机会。 第二集《The Convention》于9月28日播出。Michael和Dwight前往费城参加行业展会，意外遇见Jim。Michael对Jim与新上司的亲密关系心生嫉妒。另一边，Pam为解除婚约后的首次约会做准备。 10月5日播出的第三集《The Coup》中，Michael因擅自宣布"电影星期一"（员工集体看电影荒废工作）被Jan抓个正着。Angela怂恿Dwight谋取Michael的职位，而Pam和Jim则用各种创意方式消磨工作时间。 在10月12日的第四集《Grief Counseling》里，得知旧上司去世后，Michael自告奋勇担任办公室悲伤辅导员。第五集《Initiation》于10月19日播出，Dwight带新人Ryan去甜菜农场进行"入职仪式"。 11月2日的第六集《Diwali》展现Michael动员全体员工参加Kelly的排灯节庆祝活动，而Andy则说服Jim将加班变成饮酒游戏。第七集《Branch Closing》于11月9日播出，Jan宣布斯克兰顿分部即将关闭，Michael努力维持团队士气，员工们各自盘算未来。 11月16日的第八集《The Merger》迎来重大转折：斯克兰顿与斯坦福德分部合并，Jim与Pam重逢，两地员工开始磨合。第九集《The Convict》于11月30日播出，Michael发现新员工有前科，而Jim帮Andy追求Pam。 12月14日的圣诞特辑《A Benihana Christmas》中，办公室因派对委员会内讧同时举办两场圣诞派对，刚分手的Michael毫无过节心情。2007年1月4日播出的第十一集《Back from Vacation》里，Michael不慎将和Jan在牙买加的亲密合照群发给全公司。 1月11日的第十二集《Traveling Salesmen》中，Dwight为保护Angela陷入两难。第十三集《The Return》于1月18日播出，被调往Staples的Dwight竟让同事们开始想念他，而回归的Oscar遭遇Michael举办的刻板印象墨西哥派对。 2月1日的第十四集《Ben Franklin》里，Michael误将历史人物扮演者当成脱衣舞男请到Phyllis的婚前派对。2月8日的第十五集《Phyllis' Wedding》中，Michael在婚礼上喧宾夺主，Pam发现Phyllis剽窃了她的婚礼创意。 2月15日第十六集《Business School》展现Michael在Ryan的商学院演讲出丑，而Dwight在办公室与蝙蝠搏斗。第十七集《Cocktails》于2月22日播出，Michael和Jan首次以情侣身份出席公司活动时，Roy在酒吧得知Jim和Pam接吻的往事。 4月5日的第十八集《The Negotiation》中，Dwight从Roy手中救下Jim却拒绝感谢，同时Darryl的加薪请求让Michael发现自己薪资过低。4月12日第十九集《Safety Training》迎来完成愤怒管理课程的Andy回归，Michael和Dwight开展夸张的安全培训。 4月26日的第二十集《Product Recall》里，Michael在水印危机中越帮越忙，Andy发现女友秘密。5月3日第二十一集《Women's Appreciation》中，Phyllis遭遇暴露狂，Michael借安慰女同事之机咨询分手建议。 季终篇《The Job》于5月17日播出，Michael面试纽约职位时指定Dwight接任，却不知Jim和Karen也在竞争该岗位。最终他与隆胸后的Jan复合，为第三季画上荒诞句号。