ABC正式宣布续订《神盾局特工》第三季，剧情紧接第二季结尾的震撼事件展开。随着异人族泰瑞根水晶在全球扩散，越来越多普通人因接触水晶而觉醒超能力，世界陷入混乱。神盾局面临前所未有的挑战，科尔森局长带领团队一边追捕逃逸的异人族，一边应对政府新成立的“高级威胁控制单位”（ATCU）的干涉，双方因理念冲突屡次交锋。   菲兹和西蒙斯的关系因西蒙斯被神秘巨石吞噬而再起波澜。西蒙斯被困在一颗遥远的沙漠星球，菲兹不惜一切代价寻找解救她的方法。与此同时，黛西·约翰逊（震波女）与异人族林肯联手，试图引导新觉醒的异人族走向正途，却意外发现一个名为“蜂巢”的古老异人威胁正在逼近地球。   第三季的高潮围绕“蜂巢”的真实身份展开——他原是神盾局特工沃德的尸体被寄生后形成的怪物，企图将全人类转化为异人族奴仆。神盾局与ATCU最终联手对抗蜂巢，在激烈的决战中，林肯为拯救团队牺牲自己，与蜂巢同归于尽。季末，神盾局虽暂时化解危机，但更大的阴谋已悄然浮出水面。