《无上神帝》的故事始于万年前，仙王牧云因持有至宝诛仙图而遭人暗算，残魂被迫沉睡。万年之后，他的灵魂在天运大陆南云帝国著名的"废物牧云"身上苏醒。初醒的牧云便遭遇学生妙仙语的刁难，但他不仅轻松化解陷阱，更展现出惊人的炼丹天赋，让门外偷看的炼丹大师莫问大为震惊。   回到家中，牧云得知自己将被迫与秦家小姐秦梦瑶结亲。秦梦瑶身患寒毒，命不久矣，这场婚姻纯粹是两大家族利益的结合。在父亲牧林辰的劝说下，牧云以能够继续炼丹为条件，勉强答应了这门亲事。他成功炼制出淬骨丹，修为得到第一次突破。莫问频繁前来请教，而秦家家主秦时雨一直想请莫问为孙女治病，莫问却暗示让牧云一试。   在为秦梦瑶治疗过程中，牧云意外唤醒体内的诛仙图，发现秦梦瑶体内的并非寒毒，而是罕见的冰凰神魄。成功治愈后，冰凰神魄的力量使秦梦瑶修为暴涨。见识到牧云非凡能力的秦梦瑶对他产生浓厚兴趣，主动成为北云学院导师，与牧云共同执教一个班级。这激怒了追求秦梦瑶未果的东方玉，他对牧云怀恨在心。   牧云借助诛仙图突破修为后前往北云山脉历练，妙仙语执意跟随。途中牧云独自猎杀十几头紫毛猎狼的壮举令妙仙语震惊不已。然而危险接踵而至，被派来暗杀牧云的柳山四煞趁他力竭之时现身，一场生死危机正在逼近...