《少女灵异日记》的故事发生在1947年的天津卫，富商之女郑心凌（路晨饰）原本过着锦衣玉食的生活，却在母亲突遭车祸身亡后陷入巨大的悲痛之中。长期的精神压抑让她患上了严重的抑郁症，整日郁郁寡欢。为了帮助女儿康复，心凌的父亲请来了留洋归国的心理医生宁雅（冯波饰）为她诊治。 　　宁雅决定将心凌带到郊外一处幽静的山庄进行疗养。这座看似平静的山庄却暗藏玄机。入住不久，心凌偶然发现了一本陈旧的日记本，当她翻开泛黄的纸页时，诡异的事件开始接连发生。先是山庄里的佣人离奇死亡，接着每到午夜时分，空荡的走廊便会响起令人毛骨悚然的音乐声，仿佛有无形的存在在黑暗中窥视。更可怕的是，心凌的房间内突然出现了渗血的人体标本，血腥味弥漫在空气中，让她几近崩溃。 　　恐怖的气氛在山庄不断蔓延，而最骇人的一幕发生在一个停电的夜晚。黑暗笼罩之下，心凌仿佛看到了母亲的身影，但那张脸却扭曲变形，带着说不出的怨毒。她开始怀疑，这一切是否与那本神秘的日记有关？随着调查的深入，心凌逐渐揭开了山庄背后隐藏的惊天秘密，而真相远比她想象的更加可怕……