《药屋少女的呢喃第二季》延续了第一季的悬疑与宫廷权谋，故事从玉叶妃怀孕这一重大事件展开。随着新生命的孕育，后宫势力格局发生微妙变化，各方势力开始暗中角力。重镇作为朝廷重臣，其立场与行动直接影响着后宫平衡；而子昌的女儿作为新入宫的妃子，因其特殊身份成为各方关注的焦点。 　　与此同时，楼兰妃的处境愈发危险，她与壬氏都接连遭遇生命威胁，幕后黑手似乎意图通过除掉她们来搅乱后宫。壬氏作为皇帝信任的宦官，掌握着诸多秘密，他的遇袭让事件更加扑朔迷离。随着调查深入，所有线索都指向了失踪的翠苓——这位曾经备受信赖的宫女被怀疑是策划这一系列阴谋的主谋。 　　猫猫在纷乱的局势中继续发挥她的药学与推理才能，试图揭开真相。然而，翠苓的失踪使得案件更加复杂，她的动机和背后是否另有主使仍是一个谜。在权力、阴谋与欲望交织的后宫，每个人都可能是棋子，也可能是棋手，而猫猫必须在危机四伏的环境中找出真正的敌人，保护那些她珍视的人。