「偶像大师灰姑娘女孩第二季」的故事发生在夏日祭典结束一个月后。346集团会长的女儿美城常务从美国分公司归来，担任偶像部门的总负责人。她对346Pro进展缓慢的现状感到不满，决定解散所有现有项目，重新筛选有潜力的偶像，以她们为核心推行品牌强化计划。这一改革波及到原本在祭典后工作逐渐步入正轨的Cinderella Project（CP），项目组办公室甚至被从30楼迁至地下室。面对常务提出的标准化偶像理念，制作人坚持以培养偶像个性为核心，并提出「灰姑娘舞会」企划作为对抗方案，承诺在冬季前取得成果以换取自主权。 　　常务的强势改革逐渐改变了346Pro的格局。在她积极拉拢潜力偶像的同时，CP成员为筹备舞会努力提升实力，并吸引了其他部门对常务路线不满的偶像加入。常务随后宣布新企划「Project:Krone」，成员候选名单中包括安娜斯塔西娅和凛。安娜斯塔西娅为追求个人成长主动加入，在美波和制作人的支持下以「LOVE LAIKA」与「Krone」双线活动。而凛则被同样入选「Krone」的旧识北条加莲及其搭档神谷奈绪组成的「Triad Primus」所吸引，向卯月和未央寻求建议。未央起初反对凛参与计划，但最终决定以支持凛探索自我为名，宣布尝试个人活动。 　　常务突然要求制作人带领CP参加兼作各部门评估的秋季祭典。制作人重组团队并吸纳其他部门成员支援，故事在各方理念碰撞与偶像们的新挑战中推向高潮。