《奥美迦奥特曼》的故事发生在一个从未出现过奥特曼与怪兽的平行地球上。某天，一名自称拥有"究极"称号的外星人意外从宇宙坠落地球，他手持象征身份的红色宇宙回旋镖"奥美迦头镖"，却因坠落冲击失去了所有记忆。 　　失去记忆的外星人化身为地球人模样，被当地人称为"宙人"。初来乍到的宙人对人类文明充满好奇，他积极融入人类社会，试图了解这个陌生星球上的生命形态。就在宙人逐渐适应地球生活时，神秘巨型生物开始在世界各地接连出现。 　　这些怪兽的出现唤醒了宙人尘封的记忆碎片，他认出这些正是自己记忆中存在的"怪兽"。面对怪兽对地球的威胁，强烈的使命感驱使宙人变身为奥美迦奥特曼，手持红色头镖与怪兽展开激烈战斗。与此同时，地球上的人类对突然出现的巨型生物和与之战斗的神秘巨人充满疑惑。 　　随着故事发展，来自外星的宙人与一位普通地球青年意外相遇，两人在共同对抗怪兽的过程中逐渐建立起深厚的友谊。作品通过他们之间的羁绊与冒险经历，深入探讨"奥特曼为何要守护地球"这一核心命题，展现了跨越星际的守护誓言与生命之间的深刻理解。