《忍者与极道》以现代东京为舞台，编织了一场横跨三百余年的宿命对决。故事始于1657年明历大火的混乱之夜，江户守护者神赛惨蔵与极道之祖幡随院长兵卫的死斗，埋下了忍者与极道世代血仇的种子。而今，极道组织既是社会边缘人的容身之所，也是罪恶滋生的温床；而隐匿于暗处的忍者则化身肃清者，以暴制暴地猎杀着践踏秩序的极道成员。 　　当代战火由极道组织“竹本组”的幕后掌控者辉村引爆。身为“破坏之八极道”核心成员，他通过新型毒品“地狱回数券”赋予部下超常战力，在东京制造连环暴乱，意图围剿察觉异动而现身的忍者。在这场阴谋中，致力于铲除极道恶行的忍者团体“帝都八忍”遭遇重创，重要成员“多仲忍者”的牺牲使得幸存者们燃起复仇烈焰，两大势力的平衡彻底崩毁。 　　然而宿敌之间却悄然萌生意外羁绊。白天化身普通高中生的少年忍者“忍叶”，与伪装成精英上班族的青年极道成员“极美”，因共同痴迷少女动画《公主系列》而结为挚友。在秋叶原的动漫商店与主题咖啡馆里，两人全然不知对方衣襟下隐藏着忍者刀与极道刺青，更未察觉当夜幕降临时，他们终将被迫在友情与百年世仇间作出残酷抉择。