ある日、ばいきんまんが一冊の不思議な絵本を見つけると、絵本の中から「愛と勇気の戦士ばいきんまん、助けにきて！！」という助けを求める声が聞こえてきました。興味本位で近づいたばいきんまんは、たちまち絵本の中に吸い込まれてしまい、見知らぬ世界へと飛ばされてしまいます。 　絵本の世界でばいきんまんがたどり着いたのは、砂漠の先に広がる大きな森でした。そこで彼が出会ったのは、森の妖精ルルンという小さな妖精です。ルルンはとても怖がりで、なかなか勇気を出すことができません。彼女は、森の命の源である水をすべて吸い尽くして荒らし回る“すいとるゾウ”に悩まされており、絵本の世界に現れたばいきんまんに、この怪物をやっつけてほしいと切実に頼み込みます。 　最初は面倒くさがり、しぶしぶながらもルルンの願いを引き受けたばいきんまん。強大なすいとるゾウとの戦いは予想以上に厳しく、ばいきんまんは大苦戦を強いられます。そんな中でも諦めずに何度も立ち向かうばいきんまんの姿に触発され、それまで怖がってばかりいたルルンにも少しずつ勇気がわき上がってきました。 　しかし、すいとるゾウの力は圧倒的で、ばいきんまんは絶体絶命のピンチに陥ります。窮地に立たされたばいきんまんは、ルルンに「アンパンマンを呼んでこい！」と伝え、助けを求めます。こうして、アンパンマンとばいきんまんという、普段は敵同士の二人が絵本の世界で力を合わせ、すいとるゾウに立ち向かう共闘が始まるのでした。