在第三季的开篇，NCIS悉尼分部正从一场针对其总部的毁灭性网络攻击中艰难恢复。这次袭击不仅暴露了团队的脆弱性，更预示着一位技术高超且动机不明的黑客“幽灵”正隐藏在暗处。团队在重建过程中，意外发现所有线索都指向一个已被官方宣布死亡的军火商，这起案件瞬间从单纯的网络恐怖主义升级为与国际阴谋相关的致命游戏。 随着调查深入，团队核心成员，如经验丰富的负责人和敏锐的新人法证专家，不得不深入悉尼阴暗的地下军火交易网络和光鲜亮丽的高科技企业界。他们发现，“幽灵”的真实目标并非简单的破坏，而是试图夺取一套能够控制全球航运路线的军用级卫星导航系统的控制权。与此同时，团队内部也因一名关键成员的过去被揭露而面临信任危机，让每一次行动都充满了不确定性。 在季终的高潮部分，NCIS团队兵分两路，一边在数字世界中与“幽灵”展开终极对决，另一边则在狂风暴雨的悉尼港，于一场激烈的海上对峙中拦截最终的物理威胁。在个人情感与职业职责的激烈碰撞下，团队必须凝聚所有力量，才能阻止一场足以颠覆地区安全的全球性灾难，并在灰烬与危机中重塑团队的信念与未来。