《战国妖狐 千魔混沌篇》的故事发生在纷乱的战国时代，世界充斥着被称为“暗”的魑魅魍魉与异形妖怪。妖狐小玉是少数亲近人类的“暗”，她与厌恶人类的仙道迅火结为姐弟，共同踏上扫荡世间罪恶的救世之旅。迅火因过去的悲惨经历对人类充满憎恨，而小玉则试图以温柔与理解化解他心中的黑暗。 　　与此同时，断怪众作为专门讨伐“暗”的僧侣集团，却以极端残忍的手段进行人体改造，将人类与妖怪的力量强行融合，制造出扭曲的战士。迅火与小玉在旅途中多次与断怪众爆发激烈冲突，双方的理念截然相反——断怪众视“暗”为必须灭绝的祸害，而迅火姐弟则坚信善恶并非由种族决定。 　　在漫长的旅程中，迅火逐渐目睹人类善良的一面：普通百姓的互助、弱者对抗强权的勇气，以及人类与“暗”之间可能的共存。这些见闻不断冲击着他根深蒂固的偏见，令他陷入矛盾与挣扎。与此同时，断怪众的阴谋逐渐浮出水面，一场涉及人妖两界的巨大危机正在逼近，迅火与小玉必须直面自己的过去与信念，为世界的未来而战。