《魔法少女与恶曾是敌人》讲述了一个充满反差萌的荒诞爱情故事。冷酷无情的邪恶组织参谋在例行破坏行动中，意外邂逅了与之对抗的魔法少女。令人意想不到的是，这位以铁血手腕著称的恶役干部竟对宿敌一见钟情，从此陷入令人啼笑皆非的双面人生。 　　白天他是令人闻风丧胆的黑暗参谋，深夜却化身甜点店常客，精心挑选草莓蛋糕放在魔法少女的窗台；制定邪恶计划时总在文件角落画满爱心涂鸦，部下汇报战况时他心不在焉地追问"她今天用的是什么颜色的蝴蝶结"；当组织成功捕获魔法少女时，他总会"恰好"触发秘密逃生装置，还贴心地留下手写纸条提醒"下次小心右脚的绊索"。 　　这场荒诞的追逐战逐渐演变成组织内部的灾难——他故意弄错导弹坐标导致基地自爆，为救魔法少女而炸毁己方装甲部队，甚至在最终决战前夜偷偷修改了所有武器的启动密码。随着魔法少女渐渐察觉真相，两人在霓虹闪烁的都市夜空展开了一场既像厮杀又像共舞的奇妙对决，枪炮与魔法交织的战场上飘落着参谋精心准备的玫瑰花瓣雨。