《谍影重重4》的故事始于杰森·伯恩事件引发的连锁反应。随着媒体曝光了CIA的“踏脚石”计划及其通过药物控制强化特工的黑幕，高层陷入恐慌。为掩盖真相，CIA决定终止计划并清除所有相关人员，包括特工和科学家。这场清洗行动由冷酷的前美国空军上校艾瑞克·贝尔主导，他奉命抹杀散布全球的“药物特工”，而藏身于阿拉斯加雪山中的艾伦·克劳斯成为了下一个目标。 　　艾伦·克劳斯是依靠特殊药物“蓝绿药丸”获得超强体能和智力的特工之一。当贝尔派出的杀手突袭他的隐居地时，艾伦凭借本能逃过一劫，但意识到自己已沦为组织弃子。为了生存，他必须一边躲避昔日同僚的追杀，一边寻找能维持自己能力的药物来源。在逃亡过程中，他联系到曾参与药物研发的科学家玛泰博士，得知药丸的副作用会逐渐致命，而唯一能救他的线索隐藏在菲律宾某实验室。 　　影片的高潮部分发生在马尼拉，艾伦与玛泰博士联手突破CIA的重重封锁，试图夺取药物配方。与此同时，贝尔亲自带队围剿，双方在贫民窟与实验室展开激烈交锋。最终，艾伦虽成功获得改良版药物，却选择销毁配方以阻止更多悲剧。面对贝尔的追杀，他利用环境反杀对手，并在结尾隐入人群，暗示他将继续对抗体制的黑暗。影片以开放式结局收尾，留下特工命运与组织阴谋交织的悬念。