《少林五祖》讲述了清朝康熙年间，清廷视少林寺为心腹大患，暗中安插奸细收集情报，并调集大批高手围攻少林寺，意图将少林弟子一网打尽。清兵趁夜火烧少林，寺中僧众仓促应战，死伤惨重，仅少数人侥幸逃生。这场浩劫中，五位俗家弟子——方大洪、李式开、胡德帝、蔡德忠和马超兴因各自机缘逃过一劫，成为少林寺最后的希望。 　　幸存后的五人分头行动，方大洪（孟飞饰）南下广东与李式开（戚冠军饰）会合，二人商议继续反清复明的计划。与此同时，胡德帝（姜大卫饰）、蔡德忠（狄龙饰）和马超兴（傅声饰）则北上中原，誓要查出少林寺内奸，为死去的同门报仇雪恨。在追查真相的过程中，五人历经艰险，多次遭遇清廷高手的围剿，几度陷入生死绝境。 　　面对强敌，五人一度对少林功夫产生怀疑，认为其难以对抗清廷的阴谋。然而，随着历练的加深，他们逐渐醒悟，并非少林武功不济，而是自己尚未真正掌握其精髓。于是五人痛定思痛，潜心修炼，将少林武学融会贯通，终成一代宗师。他们以高超的武艺和坚定的信念，继续与清廷抗争，成为反清复明的重要力量，被后人尊称为“少林五祖”。 　　影片不仅展现了五人从迷茫到觉醒的成长历程，更通过激烈的武打场面和曲折的复仇故事，弘扬了少林精神与家国情怀。最终，五人虽未能彻底推翻清廷，但他们的英勇事迹和武学造诣流传后世，成为武林传奇。