环境学者西山玄学不畏企业和警方的压力，坚持调查公害真相，同时潜心研究家族世代相传的《诸世纪》。某日，女儿麻里子的恋人从海外归来，西山在二人面前作出残酷预言："这个时代前途未卜，即使结婚也不要生育"。数日后，东京梦之岛因合成防腐剂AF2导致巨型蛞蝓泛滥，日本各地畸形儿激增，而锌矿周边却出现能力异常发达的儿童。当麻里子男友老家的渔村遭遇赤潮灭顶之灾的夜晚，两个年轻人在船上情不自禁结合。   西山警告人类过度开发将导致灭亡，呼吁停止超额生产，却因阻碍经济发展被斥为"反人道主义"。国际会议上，发达国家指责发展中国家人口爆炸破坏环境，后者则反控资源浪费才是元凶。此时太平洋突现海面冻结、埃及降雪等异象，成层圈滞留的辐射尘更袭击新几内亚。国际联合调查队失踪后，西山与中川参与的第二支队伍在丛林深处遭遇辐射变异的动植物、食人族，以及化作活尸的首批调查员。面对队员举枪自卫的要求，西山被迫亲手击毙已变异的下属。   与此同时，超音速运输机事故导致臭氧层破洞，日本列岛遭受致命紫外线直射，山火与化工厂爆炸接连不断。全球粮仓相继绝收，粮食暴动与青年堕落席卷社会。东京上空因大气扭曲形成巨型镜面，西山妻子伸枝在丈夫怀中病逝，而麻里子腹中却孕育着新生命。面对持续天灾，西山在国会详尽推演人类灭绝的十二种模式，震撼的首相最终作出惊人决断——启动"人类净化计划"，用核武器清洗部分人口以保全种族延续。影片在文明存续与伦理毁灭的悖论中迎来震撼终局。