《扎克·施奈德版正义联盟》的故事始于超人牺牲后，世界陷入混乱与恐惧。布鲁斯·韦恩（本·阿弗莱克饰）深感责任重大，他意识到单凭蝙蝠侠的力量无法应对未来的威胁，于是与神奇女侠戴安娜·普林斯（盖尔·加朵饰）合作，试图组建一支超能力者团队。然而，每位潜在成员都深陷各自的困境：海王亚瑟·库瑞（杰森·莫玛饰）拒绝与陆地世界产生羁绊；闪电侠巴里·艾伦（埃兹拉·米勒饰）虽心怀正义却缺乏自信；钢骨维克多·斯通（雷·费舍饰）因身体被改造而自我封闭。布鲁斯和戴安娜必须帮助他们直面心魔，才能凝聚成真正的联盟。 　　与此同时，远古邪恶势力荒原狼（塞伦·希德饰）奉黑暗君主达克赛德（雷·波特饰）之命降临地球，寻找隐藏的三座“母盒”。这些蕴含毁灭性力量的装置一旦合一，将彻底重塑地球。荒原狼先后攻陷亚马逊族的天堂岛和亚特兰蒂斯海底王国，最终将目标指向人类世界。正义联盟虽初步集结，但面对荒原狼的压倒性力量和天启星军团，他们节节败退。危急关头，钢骨提出通过母盒能量复活超人（亨利·卡维尔饰）的计划，尽管风险巨大，但这是他们唯一的希望。 　　超人复活后一度因记忆混乱与联盟成员爆发冲突，但最终在路易斯·莱恩的呼唤下恢复理智。全员集结的正义联盟在最终决战中分工协作：闪电侠逆转时间修复母盒分离装置，钢骨与蝙蝠侠牵制敌方火力，神奇女侠和海王正面迎战荒原狼，而超人则以碾压姿态击溃天启星大军。随着达克赛德的阴谋暂时挫败，联盟正式确立。影片结尾暗示了未来更宏大的危机，包括蝙蝠侠的噩梦预言和达克赛德的卷土重来，为后续故事埋下伏笔。