《超级女警》的故事发生在九十年代初期，一场突如其来的爆炸摧毁了从事军事研究的化学工厂，三名被列为"军事试验品"的危险人物趁机逃离实验室，从此销声匿迹。由于这些实验品具有极强的破坏性和不稳定性，中共中央决定派出经过特殊改造的人造人女警聂玲（杨丽菁饰）展开追捕行动。 　　随着调查的深入，聂玲发现香港近期接连发生多起离奇抢劫案，作案者展现出的超凡能力与失踪的三名实验品高度吻合。为了阻止他们继续危害社会，聂玲只身前往香港展开围剿。香港警方对此案高度重视，派出精英警探尹秋水（万梓良饰）协助追捕。然而，这场合作从一开始就充满波折。 　　在一次激烈的交锋中，尹秋水为保护一名叫小雪（朱茵饰）的年轻女孩，意外被聂玲的失忆枪击中。更戏剧性的是，聂玲随后也在混乱中被尹秋水误伤。这场阴差阳错的意外让原本就复杂的追捕行动变得更加扑朔迷离。随着调查的推进，一个涉及军事机密和人性挣扎的惊天阴谋逐渐浮出水面。 　　影片通过紧张刺激的动作场面和错综复杂的人物关系，展现了正义与邪恶的较量，同时也探讨了科技与人性的深刻命题。聂玲作为人造人警探的特殊身份，与尹秋水代表的传统警探形成鲜明对比，两人从对立到合作的过程成为影片的重要看点。