《龙门飞甲》以明朝成化年间为背景，描绘了一个宦官专权、朝纲混乱的黑暗时代。西厂督主雨化田权倾朝野，手段狠辣，与东厂宦官联手迫害忠良，致使天下百姓苦不堪言。侠客赵怀安率领一众江湖义士，以武犯禁，接连刺杀东厂奸佞，成为阉党的眼中钉。雨化田为铲除异己，亲自出马追捕赵怀安，朝野内外暗流涌动。 　　与此同时，宫女素慧容因怀有龙种遭西厂追杀，逃亡途中被神秘侠女凌雁秋所救。二人一路向西，逃至大漠深处的龙门客栈。这家客栈曾是江湖恩怨的漩涡中心，如今再度成为各方势力角逐的战场。鞑靼商队、西厂鹰犬、江湖浪客齐聚于此，而客栈中更出现了与雨化田容貌酷似的江湖骗子卜仓舟，以及英姿飒爽的女侠顾少棠，使得局势愈发扑朔迷离。 　　随着赵怀安一行暗中潜入客栈，正邪对峙一触即发。雨化田为夺取素慧容腹中皇子以挟天子，布下天罗地网；赵怀安等人则誓死保护无辜，欲借大漠地势反击。在刀光剑影与黄沙风暴中，尘封多年的皇宫秘辛逐渐浮出水面，而客栈地下的西夏宝藏更引发人性贪欲的爆发。最终，侠义与阴谋在飞沙走石间激烈碰撞，谱写出一曲荡气回肠的武侠传奇。