《美国队长3》的故事围绕复仇者联盟内部的分裂展开。史蒂夫·罗杰斯（美国队长）带领团队执行任务时，意外造成大量平民伤亡，引发国际社会的强烈不满。各国政府联合推出《索科维亚协议》，要求超级英雄接受联合国监管。这一决议在联盟内部引发巨大分歧：托尼·斯塔克（钢铁侠）因愧疚支持协议，认为团队需要约束；而美国队长则坚持英雄应保有自主行动权，拒绝签署。 　　矛盾因巴基·巴恩斯（冬日战士）的卷入而激化。美国政府指控巴基制造恐怖袭击，史蒂夫坚信好友无辜并试图保护他。托尼带领签署协议的英雄（包括黑豹、幻视等）追捕巴基，而史蒂夫则联合猎鹰、绯红女巫等人反抗。双方在莱比锡机场爆发激烈冲突，战斗场面宏大且充满情感张力。最终，美国队长击败钢铁侠，带着巴基逃离。 　　然而，幕后黑手泽莫男爵浮出水面。他策划一切只为分裂复仇者，并揭露托尼父母当年死于巴基之手的真相。愤怒的托尼与坚持保护巴基的史蒂夫彻底决裂，三人在西伯利亚展开惨烈对决。尽管史蒂夫和巴基联手击败托尼，但复仇者联盟已分崩离析。影片结尾，史蒂夫留下盾牌离去，而托尼收到史蒂夫的道歉信，暗示两人关系仍有转机。这场内战不仅改变了英雄们的命运，也为后续的《复仇者联盟3》埋下伏笔。