《X战警2》延续了前作的剧情，变异人在X教授的领导下虽然成功将万磁王囚禁，但人类社会对变异人的歧视与恐惧仍未消除。影片开场，一位反对变异人的政治要人遭遇神秘刺杀，事件迅速引发轩然大波，舆论再次将矛头指向变异人群体。面对日益紧张的社会矛盾，X教授不得不与美国总统展开紧急磋商，试图缓解危机。然而，一位极具影响力的前将军威廉·史崔克趁机煽动公众情绪，领导反变异人联盟对X学院施压，甚至策划了一场针对变异人的全面围剿。 　　与此同时，被囚禁的万磁王察觉到了史崔克的阴谋，意识到人类与变异人的冲突已无法避免。尽管他与X教授理念相左，但为了对抗共同的敌人，他不得不寻求与X教授合作。两位曾经的对手在危机面前暂时搁置分歧，联手制定反击计划。另一方面，金钢狼继续追寻自己的身世之谜，逐渐发现自己的过去与史崔克的秘密实验密切相关。随着真相浮出水面，他意识到自己可能是史崔克计划中的关键一环。 　　影片高潮部分，史崔克率领军队袭击X学院，企图利用脑波强化机消灭所有变异人。X战警们奋起反抗，而万磁王也趁机逃脱，加入战斗。在激烈的对决中，暴风女、琴·葛蕾等变种人各显神通，而金钢狼则直面史崔克，揭开了自己痛苦的记忆。最终，琴·葛蕾为拯救同伴牺牲自己，她的牺牲不仅扭转了战局，也为后续故事埋下伏笔。影片结尾，人类与变异人的矛盾仍未解决，但X战警们更加坚定了保护同胞、争取平等的信念。