《蝙蝠侠：黑暗骑士归来(下)》延续了上部的紧张氛围，讲述了布鲁斯·韦恩以蝙蝠侠身份重返高谭市后引发的连锁反应。随着变种人团伙被瓦解，残余势力转变为狂热的“蝙蝠信徒”，他们以极端暴力手段维护所谓的正义，导致社会对蝙蝠侠的争议愈演愈烈。新任高谭探长公开质疑蝙蝠侠的合法性，甚至白宫也介入其中，要求他停止行动。与此同时，美苏冷战局势升级，超人被政府征召执行任务，与蝙蝠侠因理念冲突彻底决裂。 　　就在城市陷入混乱之际，小丑突然高调复出，他伪装成康复的精神病患者，受邀参加电视访谈节目，暗中策划一场血腥的恐怖袭击。蝙蝠侠识破其阴谋，与新任罗宾——少女凯莉·凯利联手追击。两人突破警方封锁，与小丑在废弃的游乐场展开决战。战斗中，小丑故意激怒蝙蝠侠，试图逼他跨越不杀原则的底线。最终，蝙蝠侠以近乎致命的方式制服小丑，但这场胜利让他付出了沉重的道德代价。 　　与此同时，美国政府派超人前来镇压蝙蝠侠。两位昔日的战友在雨夜的高谭街头展开史诗级对决。年迈的蝙蝠侠凭借战术智慧和科技装备与超人周旋，甚至动用氪石武器一度占据上风。最终，蝙蝠侠通过假死脱身，转入地下继续守护城市。影片以开放式结局收尾：布鲁斯·韦恩在秘密洞穴训练新一代义警团队，暗示黑暗骑士的精神将永远延续。