《刺客信条》讲述了卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德 饰）在死刑执行前被神秘组织Abstergo救下，并被迫参与一项名为“Animus计划”的实验。索菲娅（玛丽昂·歌迪亚 饰）声称这项技术能通过基因记忆消除人类暴力本能，但实际目的是寻找遗失的伊甸园苹果——一件能操控自由意志的远古神器。卡勒姆被绑上虚拟机器Animus后，意识穿越到15世纪西班牙宗教裁判所时期，化身刺客祖先阿圭拉，亲历兄弟会与圣殿骑士围绕苹果的殊死争夺。 　　随着记忆同步深入，卡勒姆逐渐觉醒刺客技能，同时发现索菲娅的父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯 饰）作为圣殿骑士首领，企图用苹果实施精神奴役。在另一位现代刺客穆萨（迈克尔·威廉姆斯 饰）的启发下，卡勒姆开始质疑实验真相。当索菲娅被迫加大Animus功率导致其精神濒临崩溃时，卡勒姆彻底觉醒，意识到自己正是兄弟会预言中“血统纯正者”——唯一能通过基因记忆定位苹果现世坐标的关键人物。 　　最终卡勒姆联合现代刺客们突袭Abstergo总部，在伦敦圣殿骑士密室夺回苹果。面对自由意志与绝对秩序的终极抉择，他选择将苹果交给刺客组织销毁，但镜头暗示圣殿骑士的阴谋并未终结。影片以卡勒姆正式继承刺客衣钵作结，留下人类与宿命抗争的永恒命题。