《半条命3：特种兵之战》讲述了保镖毕龙为保护雇主李悠悠并追查幕后黑手，深陷连环阴谋的故事。影片开场，毕龙循着李悠悠孪生妹妹——杀手李刀锋留下的线索来到情趣酒店，却惊现其尸体，随即被警方诬陷为凶手追捕。逃脱后他接到神秘人电话，被迫按照指令行动以洗脱罪名。 　　与此同时，李刀锋的情人刀疤因看到栽赃毕龙的假信息，认定他是真凶而展开复仇。警方则通过李悠悠试图诱捕毕龙未果，发布全城通缉。毕龙按神秘人指示强闯麒麟堂夺取麒麟玉，却发现堂主过江龙已遭南国特种兵手法杀害，自己再成替罪羊。随后他前往永孝堂，目睹堂口被血洗，垂死的疯狗指认刀疤夺走孝子棒，令毕龙陷入困惑与疲惫。 　　昏迷被捕后，毕龙挣脱警长林怡的控制，冒险与李悠悠告别并击败刀疤夺回孝子棒。最终他带着两件信物抵达忠义堂，揭露幕后主使竟是堂主陈永福——其父陈国良的灵位赫然在目。陈永福坦白自己策划一切：利用毕龙铲除黑道对手，甚至欺骗刀疤杀害两位堂主，意图一统南国黑道。 　　濒死之际，毕龙与李悠悠互诉衷肠，千钧一发时毕凤、林玲和重伤的刀疤联手救援。四人合力击杀陈永福，终结了这场充满背叛与复仇的腥风血雨。影片以黑道阴谋为背景，交织爱情与救赎，展现了特种兵在绝境中的挣扎与爆发。