《特种兵归来2：黑色罂粟》讲述了血狼小队队长龙卫与战友陆大山、马跃在藤国执行任务时，意外卷入一场针对中国人的基因武器阴谋。雅塔的紧急联络让三人得知“黑色罂粟计划”的存在——海亚博士通过基因技术研发出能放大毒品成瘾性的“黑色元素”，其原理基于中国人高发的ABCC11基因突变，实则是针对特定族群的生化武器。为阻止危机，龙卫团队联合雅塔及逃出实验室的博士露娜，决定突袭雇佣兵把守的医学中心。 　　行动中，龙卫小队伪装潜入实验室，成功截获携带2000毫升黑色元素及配方的海亚博士。然而局势骤变：雅塔突然叛变，枪击龙卫三人并交出博士与资料，以此交换被黑狐囚禁的父亲。但黑狐组织背信弃义，击杀雅塔随从后夺走成果。原来这场背叛是龙卫与雅塔设计的陷阱——他们早将追踪器植入海亚体内，借机定位黑狐老巢。卫星信号最终锁定深山基地，小队必须在12小时内阻止配方破解。 　　最终决战中，龙卫小组攻入基地击毙蝰蛇、麋鹿，在最后一秒终止了文件传输。爆炸摧毁基地的同时，卫星图像显示黑狐乘快艇逃脱。当面具揭下，幕后主使竟是雅塔的父亲、藤国前总统坤恩。影片以阴谋未破的悬局收尾，基因武器的阴影与权力黑幕仍未消散。