《蛤蟆神功》讲述了一个发生在战乱时期的江湖恩怨故事。五大毒宗在乱世中崛起，分别对应着生活中的五毒，而圣鳞教教主南宫懿为了满足私欲，开始疯狂抢夺各门派的武功秘籍。一个风雨交加的夜晚，江湖格局骤然剧变：天龙门掌门离奇失踪，金乌派惨遭灭门，天蟾谷更是一夜间消失无踪。天蟾谷掌门幼子独孤俞在生死关头，被谷中长老独孤仲以蛤蟆神功救下，随后被一位善良的农村老妇收养，从此隐姓埋名。 　　十八年后，独孤俞已长大成人，偶然结识了南宫翎，两人情愫暗生。然而命运弄人，南宫翎竟是仇人南宫懿的女儿，而南宫懿这些年来一直在暗中寻找独孤俞的下落。当身份揭穿，独孤俞被南宫懿抓获，南宫翎不顾生死将他救出。在一次意外中，独孤俞坠入悬崖，却因祸得福，练成了传说中的蛤蟆神功。 　　武功大成的独孤俞决心找南宫懿复仇，而南宫翎为了阻止这场生死对决，毅然挺身而出，最终牺牲了自己。南宫懿亲手误杀爱女，悲痛欲绝之下走火入魔，彻底疯癫。目睹这一切的独孤俞，心中的仇恨逐渐消散，最终选择放下恩怨，结束了这场延续十八年的江湖纷争。