《终极代码》的故事发生在公元2025年，科技巨头Mr.M以“造福人类”为名，高调发布了一项革命性的芯片计划。然而在发布会上，逃出组织的顶尖杀手Enoch突然现身破坏，迫使Mr.M启用秘密囚禁在死亡谷的王牌杀手萧宇。这位曾反抗组织的叛逆者因重伤被捕，Mr.M以萧宇妻女的性命为筹码，逼迫他找回散落世界的三块源代码芯片。 　　被迫屈服的萧宇虽心怀正义，却不得不为至亲踏上血腥征途。他游走于黑暗与光明的边缘，在追杀Enoch的过程中逐渐发现芯片背后的惊天阴谋——Mr.M企图通过源代码控制全人类意识。随着任务推进，萧宇与同样被改造的女杀手冷锋相遇，两人在对抗X公司机械军团时建立起微妙信任。当第三块芯片在东京塔顶现世时，萧宇面临终极抉择：服从命令换取家人平安，还是毁掉芯片拯救亿万生灵。 　　高潮对决中，萧宇以自毁方式启动电磁脉冲，与Mr.M的量子计算机同归于尽。濒死之际，他通过脑机接口将真相公之于众。漫天数据流中，人类终于看清被奴役的命运，而萧宇化作数字幽灵，永远守护着获得自由的妻女。影片以冷锋将源代码残骸沉入深海作结，留下人类与技术共生的永恒命题。