《仁者黄飞鸿》讲述了广东武术名家黄飞鸿（张卫健饰）的传奇故事。黄飞鸿为人正直善良，武艺高强，在广东享有盛名。武馆馆主洪霸因嫉妒黄飞鸿的声望，找来高手仇千丈（施行宇饰）在醒狮大会上挑战黄飞鸿。然而黄飞鸿与好友林世荣（林子聪饰）、梁宽（郑晓东饰）、牙擦苏（张嘉伦饰）识破了洪霸的阴谋，最终击败了仇千丈。 　　洪霸怀恨在心，将仇千丈重病的家人赶出家门。黄飞鸿好心收留并救治他们，但因病情过重无力回天。不知内情的仇千丈误以为是黄飞鸿害死了他的家人，从此对黄飞鸿恨之入骨。在父亲的建议下，黄飞鸿前往香港开设宝芝林分店，希望能将医术和武术发扬光大。 　　在香港，黄飞鸿邂逅了温柔美丽的日本姑娘武田静香（小王晶饰），两人渐生情愫。然而静香的日本身份让这段感情充满波折，加上仇千丈的复仇阴谋，黄飞鸿面临重重考验。他必须在江湖恩怨与儿女情长之间做出抉择，展现仁者风范。