《灵异侦缉档案Ⅱ》延续了第一部的悬疑灵异风格，围绕香港警队鉴证科展开一系列超自然案件调查。故事主角高达（黄日华饰）曾是重案组精英，却因赌博恶习被贬至鉴证科。他天生拥有感知死亡的特殊能力，六岁时目睹死亡的经历让他与灵异事件纠缠不清。在调职新警区后，高达意外发现重案组上司关蜀勋竟来自充满传说的“古董仓”——一个专门存放诡异证物的神秘仓库，而关本人更曾是卧底警察。 　　高达被强制接受心理治疗，主治医生李嘉雯（李姗姗饰）看似普通，实则是多年前“古董仓”灵异事件的亲历者。三人因各自与超自然现象的羁绊被命运串联，新警区随即接连发生离奇命案：腐烂尸体突然活动、证物室血字浮现、亡魂通过电子设备传递讯息……每起案件都挑战着科学解释的边界。高达凭借对死亡痕迹的敏锐洞察，结合鉴证科技，逐渐揭开死者冤屈背后的真相，而关蜀勋的“古董仓”经历与李嘉雯的心理学专长，成为破解灵异谜团的关键。 　　随着调查深入，三人发现所有案件竟指向二十年前一宗被刻意掩盖的集体自杀案。亡魂的执念跨越时空干扰现实，甚至试图通过附体完成复仇。当高达在证物室触碰一枚古旧铜镜时，意外与镜中亡灵共感，揭开了警队内部有人利用邪术掩盖罪行的惊天秘密。最终，三人冒险潜入“古董仓”禁区，在阴阳交错的异空间与恶灵对峙，用科学手段封印怨气，却也付出了惨痛代价——关蜀勋为切断亡灵执念，选择带着秘密永眠于古董仓深处。